焦作市第二人民医院心胸外科分心脏外科和普胸外科两个专业，是以诊治心脏、食管、贲门、纵隔、肺等疾病为主的专科，是焦作市肿瘤重点专科。
焦作市第二人民医院心脏外科有一整套经北京阜外医院、安贞医院、湖南湘雅医院正规系统培训的专业人员，并建立了长期协作关系，专家定期来院会诊手术，形成了一支技术精练、反应迅速，集医护、麻醉、体外循环、监护为一体的心脏外科队伍。开展的心脏不停跳冠脉搭桥术，合并瓣膜置换的冠脉搭桥术，以及夹层动脉瘤主动脉置换术等达国内先进水平。
焦作市第二人民医院普胸外科完成各类肿瘤手术10000余例，手术治疗食管癌、贲门癌、肺癌、纵隔癌达省内先进水平。开展的清创术等达省内先进水平，开展的手辅胸腔镜食管癌根治术达国内先进水平。
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